La Sección Historia contiene documentación comprendida entre los siglos XVI y XIX (hasta 1870), principalmente documentos administrativos del período colonial y la Primera República, actas capitulares y correspondencia oficial y particular. Se compone de 450 volúmenes no encuadernados, que contienen un número variable de documentos cada uno.
Esta sección ha sido digitalizada mediante un acuerdo entre la SNC y la Iglesia de Jesucristo de los Santos de los Últimos Días, y posteriormente indexada y publicada en línea mediante a través de un proyecto del programa de cooperacióniberoamericana Iberarchivos.
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